儿科病区成立于2005年4月，现已成为一个集医疗、科研、教学、儿童保健于一体的临床重点科室，淮安市中医临床重点专科。科室位于综合楼十三楼，现开放床位32张，其中普通病床26张，新生儿病床6张，拥有儿科医师9名，其中主任医师2名、副主任医师2名，主治医师2名，住院医师3名（规培2人）。配置了新生儿培养箱、心电监护仪、蓝光治疗仪、婴儿辐射保暖台、复合脉冲治疗仪、输液泵、注射泵、壁挂式空气消毒机等先进诊疗设备。
科室常规开展小儿常见病、多发病临床诊疗以及危、急、重症患儿的救治工作，特别在儿童哮喘、泌尿系统疾病、新生儿疾病诊治方面，具有先进、系统的治疗方法。擅长在西医治疗的基础上，运用中医独特的草药、针灸、推拿，以及复合脉冲穴位治疗等辅助治疗技术，治疗小儿肺炎、腹泻、肾炎、哮喘、遗尿等诸多疾病，尤其在儿童哮喘、新生儿疾病诊治等方面疗效十分显著。
新生儿无陪病房配备了360度全方位监护系统，能有效地避免交叉感染、易于病情观察监护，治疗、护理更专业、更细致，特别是危重新生儿及早产儿，需要重症监护，患儿入住新生儿无陪护病房，可得到全面的监护治疗和营养支持，提高抢救成功率，同时减轻了家长负担，家长能够更悉心照顾产妇。
儿科全体医护人员，本着“以病人为中心，人性化服务”的宗旨，以温馨的环境、一流的技术、热情的服务，赢得了家长的普遍赞誉，在盱眙及周边地区产生了良好的社会影响，成为该院发展壮大的一个重要的亮点。