盱眙地处江淮丘陵山区，中草药资源丰富。为了更好地发挥中医药优势，发展中医事业、造福人民，盱眙县卫生局于1986年1月和2月分别向县人民政府、淮阴市卫生局和省卫生厅递送《关于县中医院建设实施计划的报告》。“报告”实施计划；“核定病床60张，编制人员75人。五月底前在县医院挂牌，划出一个作中医病区，开设床位30张，并同时开设门诊，边工作边筹建。1986年3月1日，经淮安市编制委员会和市卫生局批准（淮卫医86第12号），成立盱眙县中医院，属全民机构。批准医院编制床位50张，编制人员65人。1986年3月1日起，县卫生局成立了以局长陈连生为组长的县中医院筹备领导小组，并设立办公室。同时，抽调县医药公司书记高家璜、盱城卫生院院长陈长庚，以及北海舰队卫生队转业军医（团级）钱永山负责具体进行筹建工作。医院选址在淮河东路北侧五墩村一片农田地块上。医院建设图纸是在金湖中医院建筑图纸基础上进行改造完善。医院最终批准占地总面积9.7亩（10亩以上要省里批准），医院门诊楼、住院楼建筑总面积1833.4㎡。

1986年9月30日，县卫生局下文刊刻“盱眙县中医院”公章并启用。与此同时，医院与扬州邗江一家建筑公司签订门诊楼、住院楼建设协议（建设预算资金80万元）。至此，建设用地的测量和厂地整理正式开始。由于这片建设用地原为高低不平的岗地，中间还一小水塘，其间还特别从三河农场借来推土机进行整地。为了方便工程建设管理，特别建设了4间平房（约90平方，一是用于钱永山书记和高家璜居住，二也作这工程建设办公用房来使用。1987年初，医院门诊楼、住院楼工程建设正式破土动工。

医院门诊楼、住院楼全面落成。1989年6月初，医院门诊楼、住院楼正式落成。（其建设总投入最终决算72万元其中：房屋62万元，水电10万元。资金来源：县财政和省、市县卫生主管部门支持。）与此同时，在6月初，医院的人员配置也相继完成。开诊前，按照上级批准设置65人，先期招用63人（其中，医护人员主要来自县人民医院、马坝卫生院、桂五卫生院、管镇卫生院，另有13名土地带人人员）。医院开诊时设置病床50张，共投入医疗设备：50ＭＡＸ光机一台，Ａ、Ｂ各一台，生化设备一套。设备总投资28万元（资金来源：省卫生厅中医药管理局12万，县财政10万元，系统自筹6万元）。

医院第一届领导班子确立。1988年8月，经县委组织部、人事局、卫生局等部门组织的公开竞选，县中医院第一届领导班子最终确立：书记钱永山（由县里任命）。院长谢怀超（原县卫生局医政科科长）、副院长杜学元（原管镇卫生院院长）。1989年6月20日，盱眙县中医院正式揭牌开诊。参加揭牌活动人员有市政府、市卫生局、市内各县区各医院负责人，本县四套班子及县卫局领导，县卫生系统各单位、各乡镇卫生院及领导等参加揭牌仪式。淮安市副市长徐乾、盱眙县委书记张德新为医院开诊揭牌。

中医是中华传统医学，古人治病全为中医，直到民国初年西医方传入中国。盱眙中医承岐黄薪火源远流长，悬壶济世、解民病痛、治病救人的医者，是医者仁心、世代相承。 北宋名医杨介，泗州城人，行医淮河两岸，因曾多为皇帝治病，有“宫外御医”。他有《存中环真图》、《四时伤寒总病论》六卷、《伤寒脉诀》、《明堂针灸经》等医著。其中，《存中环真图》是开创中国中华解剖学先河之著，有中华解剖学鼻祖 之称。

明朝盱眙名医蔡维藩，长于儿科，著有《痘疹方论》、《痘疹集览》等医著。清光绪年间，盱城中医有杨益斋、刘后之、刘舜清、刘楚卿等。

清末到民国期间，盱眙医界仍以私人中医馆（堂）为主。其中有，涧沟渡的杨淑涵，黄牌街的张子珍，杨庆堂，王象铮，何进生，周锦石，后街的宋孝先，兴隆街的赵完瑱，土街的王干卿（针灸），近圣街的郑德全，土街的林九等。此外，还有中医外科李秀章、张竹亭和中医儿科蔡泽彬。

旧时盱眙的私人中药房（铺）的主要有：黄牌街的“泰山堂中药房”、后街的“泰生中药房”、顺河街的“太和堂中药房”、兴隆街的“寿春堂中药房”、前街的“厚德堂药房”等。

民国36年(1947年)7月，盱眙建立中医公会，参加者82名。新中国成立时,全县有中医医生50余名，其中，盱城19名，其他分布在乡村。